Na ochranu prírodných hodnôt boli Kremnické vrchy zaradené medzi biocentrá nadregionálneho významu a uvažovalo sa so zriadením CHKO Kremnické vrchy.
Geologické zloženie predstavuje súbor sopečných hornín zastúpených najmä andezitmi, ryolitmi, sopečnými brekciami a tufmi. V minulosti tu boli významné ložiská zlata. Povrch je rozčlenený do sústavy chrbtov a rázsoch striedajúcich sa s hlbokými dolinami. Časté sú bralnaté tvary a kamenné moria.
Priamo v mikroregióne sa nachádzajú tieto chránené územia:
Kremnický štós - prírodná rezervácia, nachádza sa nad mestom Kremnica, na západ-nom svahu Kremnického štítu (1008 m n. m.) vo výškovom rozpätí 750 – 920 m. Postupným zvetrávaním lávových prúdov a pyroklastík, vonkajšími a vnútornými podmienkami tohto deštrukčného procesu sa vytvorila morfologicky hodnotná scenéria skupín skalných útvarov – Paľova skala, Satan, Hadia skala a ďalšie. Sú vhodné na výcvik horolezcov začiatočníkov. Cenné sú sukcesné štádiá machorastov a lišajníkov na skalnatom substráte.
Jastrabská skala - prírodná pamiatka, má výmeru 8, 46 ha a leží JV od obce Bartošova Lehôtka. Ide o dominantný vrchol zo západnej strany charakterizovaný zvislou kamennou stenou, ktorá na úpätí prechádza do sutín. Väčšina plochy je zalesnená, prevažuje buk (90%) nad dubom (10%).
Alžbetina skala – pozostatok stuhnutého čela lávového prúdu pyroxenických andezitov.
Ihráčske kamenné more - prírodná pamiatka, nachádza sa na južnom okraji obce Ihráč. Je to významná geologicko- geomorfologická lokalita. Predmetom ochrany je rozpadajúci sa sopúch, relikt prírodného kanála lávy. Jeho rozpadom vznikla sústava kamenných brál. Ich zvetrávaním vzniknutá sutina vytvorila na úpätí kamenné more
Vejmutovkový porast - chránený areál, bol vyhlásený v roku 1981 na rozlohe 4, 62 ha v k.ú. Kremnica, ale v roku 2002 bola ochrana podľa zákona o ochrane prírody zrušená. V súčasnosti je ochrana zabezpečená podľa lesného zákona. Predmetom ochrany bol jeden z najstarších umelo založených porastov borovice hladkej na Slovensku slúžiaci na sledovanie rastu pôvodom severoamerickej dreviny v našich podmienkach. O rozšírenie tejto borovice v európskych štátoch sa pričinil anglický lord Weymouth. Od roku 1987 je pozorované postupné odumieranie jedincov tejto borovice, čo sa pripisuje účinkom extrémneho sucha s následným napadnutím hmyzími škodcami.
Kormendyho jaskyňa na úbočí Kremnického Šosu – vznikla pri ťažbe kameňa na stavbu železnice Zvolen- Vrútky (r. 1869-1872). Následne ju obýval bylinkár Kormendy, po ktorom dostala aj pomenovanie.
Bujačia lúka - prírodná rezervácia, nachádza sa na JV okraji intravilánu mesta Kremnica, po pravej strane štátnej cesty vedúcej na Skalku. Ide o chránené územie, kde dôvodom ochrany je koncentrovaný výskyt chráneného a ohrozeného druhu flóry Slovenska - šafrána dvojfarebného. Bujačia lúka je typická podhorská ovsíková kosná lúka, kde okrem šafránu sú prítomné i ďalšie chránené a ohrozené druhy.
K ďalším prírodným zvláštnostiam mikroregiónu patria aj Jánošíkové diery medzi Vyhnátovou a Zlatou studňou, prameň termálnej vody navŕtaný pri geologickom prieskume pri šachte Ludovík, velestúr a smrečník s nápisom tzv. runy.
Je potrebné uviesť aj tie chránené územia, ktoré sa nachádzajú v blízkosti mikroregiónu. Medzi ne patria: Badínsky prales, Mláčik, Boky s Čertovou skalou, Harmanecká jaskyňa a Svrčinník.
V opisovanom regióne sa vyskytujú aj chránené stromy: sekvojovec na Zlatej ulici v Kremnici, dub a tisy obyčajné v Zechenterovej záhrade v Kremnici, Leopoldova lipa pri prepadlisku Šturec v Kremnici a lipa na Starých Piargoch v Kremnických Baniach. Obvod týchto stromov presahuje 500 cm (tisy 300 cm), iba lipa v Kunešove má obvod nad 700 cm, táto však nie je vyhlásená za chránený strom. Výškové rozpätie v regióne vplýva na rôznorodosť fauny a flóry.
Z fauny dominuje vtáctvo - najmä drozd čvikotavý, drozd čierny, pinka obyčajná, slávik obyčajný, ale aj vzácne druhy ako myšiak hôrny, sova obyčajná, bocian čierny, jastrab krahulec, orol skalný. Ojedinelý je výskyt i medveďa hnedého a s veľkým šťastím je možné stretnúť rysa ostrovida.
Zo vzácnych druhov rastlín a stromov je možné uviesť - šafrán dvojfarebný, žltohlav európsky, ľalia zlatohlavá, kosatec sibírsky, vstavače, horec luskáčovitý, lykovec jedovatý a zo stromov borovica limba, borovica horská - kosodrevina a tis obyčajný.